凍干機的發展，利用冰晶升華進行脫水的原理早在19世紀初期就已有學者提出。
1909年，Shackell發表了他的凍干實驗報告。所用設備是極原始的真空泵，用食鹽和冰做冷媒，用硫酸做干燥劑。所得凍干制品是補體、抗血清、狂犬病毒。在研究和開發生物制品的凍干技術方面開創了新紀元。
1935年，第一臺商業用凍干機問世。Flosdorf和Greaves等分別研制了比較完善的凍干儀器和設備，使凍干生物技術由實驗室走向工業化大生產。制冷技術＋真空技術
Lyophile法：用冷阱來捕集升華水蒸氣
Cryochem法：用硫酸鈣等便宜的吸水劑來捕集升華水蒸氣
Desivac法：用抽氣機抽除升華水蒸氣
1940年，凍干人血漿和青霉素的大量生產，第二次世界**對凍干技術在醫藥界的應用起到了巨大的推動作用。戰后，凍干法又迅速擴展到各種疫苗、藥品等領域。直到目前，凍干技術在醫藥生產領域仍在廣泛地應用。
對食品冷凍干燥的系統研究始于50年代。60年代，凍干食品有了長足發展。美、日、德、荷蘭、丹麥等國相繼建立起了自己的食品凍干工廠。當時，出現在歐美市場上的所有凍干食品中，以咖啡最為成功，在日本，凍干方便面占了它的整個方便面市場的一半，成為凍干技術應用的推動力。
70～90年代，FD水果制品（草莓、哈密瓜）；FD肉制品（咖喱牛肉、什錦米板）；FD調味品（方便面調料、茶）；
在世界范圍內，合成食品、蔬菜、蝦仁、油炸物、肉醬、松茸、魚類、貝類、肉類加工等工業開始廣泛使用了凍干技術。
90年代至今，微生物的凍干保存；制造超細微粒（納米級）。
